為有效掌握情報時效與應變處置作為，反恐運作上，區分「平時」風險管理或「變時」事件發生處理等兩個階段：

平時階段（著重預警情資得獲得、分析、研判與分享）：在「平時」的反恐組織架構上，係由行政院的「行政院反恐怖行動政策小組」、「行政院國土安全辦公室」與國安體系的「國家安全會議之情勢綜合研判小組」及「國家安全局反恐怖情報整合中心及情勢研判小組」等單位組成。其中針對暴力、生物、毒化物、放射性物質、重大交通設施、重大經建設施、通資訊及其他等類型的恐怖攻擊或災難發生事件，分別設立7個應變組，再輔以動員分級制度，期使災防、全動及反恐機制整合，達成「全救災體制」。

變時階段：一旦進入「變時」階段，國安體系由國安會成立「反恐怖行動危機處理決策小組」，持續掌握國內外情資，避免再度遭受攻擊；行政體系部份，則視發生兩種以上或單一類型的恐怖攻擊事件，決定反恐組織架構，分別
由行政院啟動「一級或二級應變中心」，同時各部會也會依恐怖活動類型分別成立相關的「應變中心」；各縣市政府則依權責設立「縣市應變中心及前進指揮所」，使中央與地方保持密切聯繫，有效整合相關資源。